Eu estava enfrentando o mesmo problema. Um arquivo contendo o ímpar, um arquivo contendo as páginas pares de um livro digitalizado. Simplesmente usei o recurso de renomeação em lote do Windows 7/8 / 8.1.
1) Divida as páginas de cada pdf novamente em arquivos separados para cada página, de modo que uma pasta contenha todas as páginas ímpares como arquivos separados e uma pasta diferente contenha todas as páginas pares.
2) Em massa / lote / massa renomeie os arquivos de ambas as pastas da mesma maneira. Simplesmente selecione todos os arquivos em cada pasta e renomeie o primeiro como um e pressione enter. Ao fazer isso, os arquivos em cada uma das duas pastas serão numerados como (1), a (2), a (3) ...
3) Na pasta com as páginas ímpares, copie todos os arquivos e cole-os diretamente na mesma pasta. Ao fazer isso, ele cria cópias dos arquivos com as páginas ímpares que se parecerão com um (1) - Copiar
4) Mova esses arquivos copiados para a pasta que contém os arquivos pares. Isso os classifica na frente dos arquivos de páginas pares (desde que os arquivos sejam classificados por seus nomes).
5) Mesclar os arquivos novamente em um arquivo, simplesmente seguindo o novo esquema de nomenclatura.
Para mesclar e dividir os arquivos PDF, usei as Ferramentas PDF do pdfIll, disponíveis gratuitamente.