Para começar, existem diferenças cosméticas: Minimizar faz um pequeno efeito gráfico e coloca um ícone encolhido da janela no seu Dock (no lado direito, não com os aplicativos, embora isso possa ser alterado). ocultar faz com que todas as janelas do aplicativo simplesmente desapareçam da vista sem nenhuma alteração no Dock.
Mas a grande diferença está em como você faz as janelas reaparecerem.
Janelas minimizadas exigem um clique do mouse no Dock para convocá-los.
Escondido os aplicativos reaparecerão se você usar o Command-Tab no aplicativo, para que possa trazer de volta as janelas usando apenas o teclado.
(Você também pode clicar no Dock para recuperar um aplicativo oculto).
Porque eu uso Command-Tab pesadamente, e tento evitar o mouse, eu uso "Hide" um pouco, mas nunca uso "Mimimize" como ele exige interação do mouse para obter a janela de volta.
Como outros notaram, você pode definir as preferências do Dock para "minimizar no ícone do aplicativo". Isso não altera a equação teclado / mouse; tudo o que isso faz é impedir que uma janela "minimizada" obtenha seu próprio ícone no Dock - em vez disso, você precisa clicar no ícone do aplicativo no dock para minimizar a janela.