Respostas:
Graças a uma postagem nos fóruns do NSIS , aprendi que quando você associa uma extensão de arquivo manualmente, o Explorer cria uma chave do Registro que substitui as configurações do sistema para essa extensão. No caso de arquivos NSIS, essa chave é:
HKEY_CURRENT_USER \ Software \ Microsoft \ Windows \ CurrentVersion \ Explorer \ FileExts.nsi
Se você excluir essa chave, você perderá a associação do editor de texto, mas recuperará os itens do menu de contexto após reiniciar o Explorer.