A principal diferença é o gerenciador de janelas padrão. Xubuntu e Lubuntu são geralmente usados com computadores mais antigos e menos potentes. Em detalhe:
O Ubuntu vem com o Unity, um shell executando sobre o ambiente GNOME Desktop. O Unity deve ser fácil de usar para a maioria dos usuários.
O Kubuntu usa o KDE como o ambiente de área de trabalho padrão. O KDE tem muitas configurações e efeitos gráficos e é bom para usuários avançados que desejam fantasiar muito seu ambiente.
O Xubuntu usa o XFCE em um ambiente de área de trabalho muito limpo. O XFCE é fácil de usar e usa menos recursos do sistema que o KDE e o Unity (Gnome).
O Lubuntu usa o LXDE como o gerenciador de janelas. O LXDE foi projetado para funcionar bem com computadores na extremidade inferior do espectro de desempenho, como máquinas mais antigas com restrição de recursos.
Todas as versões do Ubuntu compartilham os mesmos pacotes e gerenciador de pacotes (apt-get), e elas seguem a versão principal do Ubuntu (a cada 6 meses). O nome do release é composto como year.month, portanto, por exemplo, 12.10 é o lançamento de outubro de 2012.