Se você for em Ferramentas -> Opções da Internet, guia Avançado e role para baixo, encontrará uma opção para "Avisar sobre incompatibilidade de endereço de certificado", que pode ser desativada; a alteração entrará em vigor após a reinicialização do IE e deve impedir o navegador de reclamar do certificado.
Infelizmente, também impedirá o navegador de reclamar sobre incompatibilidades de endereço em todos os outros sites que você visitar. Isso é menos do que o ideal, mas é o tipo de compensação que você faz quando usa o IE.
Obviamente, instalar um certificado com o endereço correto (ou, se for um subdomínio que você está visitando e o certificado for emitido para um domínio de nível superior, um certificado curinga) seria a resposta certa , mas se você não puder faça isso, isso pelo menos suprimirá o aviso.