Selecione a pasta raiz com a qual você gostaria de trabalhar e abra o Inspetor (CMD-i ou clique com o botão direito e "Mostrar informações"). O painel inferior é onde você pode gerenciar permissões.
Adicione e remova permissões para a lista lá. Para aplicar as mesmas permissões recursivamente a todas as subpastas, clique na engrenagem e selecione "Aplicar a itens fechados ..."
Nota: Notei que "Aplicar a itens fechados ..." fica acinzentado quando o pequeno ícone de cadeado na parte inferior direita da janela está bloqueado. Se for esse o caso, basta clicar no cadeado para desbloqueá-lo, inserindo suas credenciais e tente novamente com "Aplicar a itens fechados ..."
chmod -R +rwX mydir
adicionará execução somente quando fizer sentido.