No meu caso, eu tinha um item de login que não estava nas minhas preferências do usuário ( ~/Library/Preferences/com.apple.loginitems.plist) ou nas preferências do sistema (1 ~ / Library / Preferences / com.apple.loginitems.plist`), portanto, nenhuma das respostas anteriores ajudou.
Acontece que eu tinha algo dentro /Library/StartupItems/. No meu caso, foi MySQLCOM, presumivelmente, colocado por uma versão antiga do instalador do MySQL (desde então, instalei uma versão mais recente via Homebrew, que não coloca nada nesse local). Eu havia excluído essa versão, mas o StartupItem permaneceu, apontando para um aplicativo agora inexistente.
Excluí MySQLCOM, reiniciei e o item Desconhecido desapareceu.
Portanto, verifique essa pasta e verifique se há algo inesperado que possa estar apontando para um aplicativo que você excluiu desde então. Além disso, verifique ~/Library/StartupItems/, embora no meu Mac, essa pasta não exista.
Mas siga as outras sugestões (olhando com.apple.loginitems.pliste loginwindow.plist) também, pois esse problema desconhecido pode ter várias causas.