O MBR, no caso de tabelas de partição no estilo DOS, está sempre presente na unidade como uma coleção muito pequena de setores no início da unidade.
Não é algo fácil de se livrar, pois contém, além do código de inicialização, a tabela de partições da sua unidade. Perder isso significa que os dados em seu disco, enquanto intactos, ficam subitamente muito mais difíceis de acessar (a maioria dos sistemas operacionais que eu já vi relatará um formato ruim e o Windows pergunta se você deseja formatar a unidade, se isso não acontecer). entender a tabela de partição).
Mais informações: http://technet.microsoft.com/en-us/library/cc976786.aspx
Editar: desde que você editou a pergunta, atualizarei minha resposta; dd pode limpá-lo. Inicialize em um linux livecd e, em sua unidade de dados desmontada, execute;
dd if=/dev/<path to data drive> of=/dev/<somewhere safe on windows drive>/mbr.img bs=512 count=1
Isso fornecerá um backup de 512 bytes do MBR, incluindo a tabela de partições, caso algo dê errado.
Para limpar a inicialização de 446 bytes:
dd if=/dev/zero of=/dev/<path of data drive> bs=446 count=1 seek=0
Dependendo do que você está tentando alcançar, talvez você queira limpar apenas os primeiros 440 bytes do MBR. Os 4 bytes após os primeiros 440 bytes contêm a Assinatura de disco exclusiva do Windows, que você pode querer reter. Para limpar apenas os primeiros 440 bytes, use este comando:
dd if=/dev/zero of=/dev/<path of data drive> bs=440 count=1 seek=0