Descobri que o problema se devia ao fato de o VirtualBox Guest Additions não ter sido instalado corretamente (falta de dependência dos cabeçalhos do kernel, etc., fazendo com que um módulo do kernel do Virtualbox não fosse criado).
Tente instalar as adições de convidado manualmente através da linha de comando e leia os erros cuidadosamente. O HOWTO abaixo tem instruções detalhadas.
Uma dica é verificar a saída de sudo lsmod | grep vbox
, que mostra os módulos do kernel para o Virtualbox - este estava vazio inicialmente. Aqui está a saída após a correção:
$ sudo lsmod | grep vbox
vboxsf 40674 0
vboxvideo 12405 1
drm 203590 3 vboxvideo
vboxguest 173675 6 vboxsf
Depois que os módulos do kernel foram concluídos, eu apenas tive que executar /usr/sbin/VBoxClient --clipboard
(no Debian 8 jessie) e a área de transferência começou a funcionar. A versão do Virtualbox era 4.3.30.
Os comandos que eu executei para esta instalação (a sua pode ser diferente) foram:
aptitude install dkms build-essential linux-headers-generic
aptitude install linux-headers-3.16.0-4-586 # See HOWTO, match running kernel
cd /media/cdrom0
sh ./VBoxLinuxAdditions.run
less /var/log/vboxadd-install.log # If you get errors
Uma maneira sistemática de corrigir esse problema (e provavelmente outros) é seguir o HOWTO de Adições de Convidados para Linux . O nome do script de instalação mudou desde 2009, mas o HOWTO ainda é muito útil e fornece comandos para as distribuições no estilo Debian / Ubuntu e RHEL / CentOS.