Este é um tópico antigo, mas vou adicionar o que aprendi para ajudar outras pessoas que vêm aqui.
Para o Debian, o problema com a resposta dada é que a mudança será desfeita na próxima vez que houver uma atualização do software. Na página do manual para update-rc.d
:
Um erro comum de administração do sistema é excluir os links com a idéia de que isso "desabilitará" o serviço, ou seja, que isso impedirá que o serviço seja iniciado. No entanto, se todos os links foram excluídos, na próxima vez que o pacote for atualizado, o script postinst do pacote executará o update-rc.d novamente e isso reinstalará os links nos locais padrão de fábrica.
Eu acredito que é melhor usar a diretiva desativar:
sudo update-rc.d apache2 disable
Isso tem a vantagem de que a enable
diretiva pode reverter a alteração.