De acordo com esta discussão , os únicos codecs que os aplicativos WinRT podem usar devem ser fornecidos pela Microsoft ou empacotados no aplicativo. Os aplicativos WinRT não podem usar nenhum codec instalado na área de trabalho e não parece haver maneira de disponibilizar um codec de terceiros para todos os aplicativos WinRT.
Esse comportamento é por design. Para usar o codec FLAC MF de dentro do contexto do aplicativo da loja do Windows, você precisará modificar o codec para funcionar no ambiente WinRT. Você precisará enviar o codec com seu aplicativo, em vez de confiar em uma instalação de desktop.
Edit : Mais informações de @Bala Sivakumar , gerente de programa da equipe da Microsoft MM Platform
A razão para isso é que o Windows 8 foi projetado para rodar em dispositivos de baixa energia, onde a decodificação de software não é desejável. Portanto, apenas codecs que podem ser acelerados por hardware são suportados em todo o sistema. Codecs de terceiros podem ser disponibilizados em alguns casos - onde o fabricante da placa gráfica suporta a aceleração por hardware do codec e envia o driver no driver. Esses codecs são assinados pela Microsoft para permitir o uso em todo o sistema.