Quando você executa ou anexa qualquer aplicativo GUI nas guias do ConEmu - todas as entradas do teclado (foco de leitura) passam para esse aplicativo filho da GUI.
É por isso que Ctrl+ Tabnão funciona no seu caso - é processado pelo PuTTY, mas não pelo ConEmu.
Mas, existe um jeito.
Solução 1
Se você ativou a opção "Instalar ganchos do teclado" na página de configurações "Controles", as teclas de atalho com o Winmodificador ainda estão funcionando! Até o foco está no aplicativo filho da GUI. Por padrão, você pode usar Win+ Qe Win+ Shift+ Qpara alternar entre guias. Essas teclas de atalho são definidas na página de configurações "Teclas e macro".
Solução 2
Vá para a página "Teclas e macro", localize a linha com a descrição "Definir foco para ConEmu" e escolha a tecla de atalho Win+ , BackSpacepor exemplo. Observe que alguns combos de teclas podem não funcionar - o Windows captura muitos combos.
Assim, você pode pressionar Win+ BackSpaceenquanto o foco do teclado estiver no PuTTY e, depois disso, Ctrl+ Tabdeverá funcionar. Você pode tentar isso com o Bloco de notas - o foco do teclado será mais óbvio.