O que você quer dizer com "imprimir um documento PDF no Linux"? Você usou o Acrobat Reader para Linux ou outra ferramenta como Okular ou evince? O Portable Document Format é um formato complexo e é bem provável que o arquivo que você está tentando imprimir não seja adequadamente suportado no visualizador de PDF ou codificado corretamente no próprio arquivo PDF (o arquivo está danificado ou não está bem formado).
Minha recomendação seria tentar ferramentas diferentes para ver se eles conseguem lidar melhor com o arquivo. Além do Reader oficial da Adobe para Linux, existem ferramentas diferentes que usam a biblioteca Poppler, por exemplo, Okular (KDE) ou evince (Gnome). Por fim, você tem o Ghostscript, que possui uma ferramenta de linha de comando (gs) para renderizar arquivos PostScript e PDF em imagens de bitmap, para que você possa renderizar seu arquivo PDF em um arquivo PNG ou TIFF e imprimi-lo.
Existem também alguns scripts / programas usando Ghostscript ou Poppler para converter entre PDF e PostScript (por exemplo, ps2pdf, pdf2ps, pdftops), para que você possa tentar converter seu PDF para PostScript e depois voltar para PDF. Isso ajuda às vezes também.
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