Respostas:
Pelo que sei, não há desvantagens além do projeto que carece de mão-de-obra; então, se você optar por situações realmente especializadas com o kernel, poderá encontrar um bug ou dois.
Sim, você pode usar genkernel
muito bem para muitas situações. Você pode encontrar algumas opções básicas de configuração, /etc/genkernel.conf
se precisar delas.