Fn não é uma tecla normal do teclado, como os modificadores Ctrl, Shift e AltGr. Para uma tecla modificadora padrão, o microcontrolador dentro do teclado envia um scancode para o próprio modificador, que é então interpretado pelo sistema operacional e combinado com outras pressionamentos de tecla simultâneos. A tecla Fn é uma forma de tecla meta-modificadora, na medida em que faz com que o sistema operacional veja códigos de alteração alterados quando outras teclas do teclado são pressionadas. Isso permite que o teclado emule diretamente um teclado de tamanho normal, para que o sistema operacional possa usar mapas de teclas padrão projetados para um teclado de tamanho normal. No entanto, como o sistema operacional não tem noção da tecla Fn, ela normalmente não pode ser remapeada no software, diferente de todas as outras teclas de teclado padrão.
Embora seja mais comum o processamento da tecla Fn acontecer diretamente no microcontrolador do teclado, não oferecendo conhecimento ao computador principal sobre se a tecla Fn foi pressionada, pelo menos um fabricante, a Lenovo, executa esse mapeamento no BIOS em execução no CPU principal. Isso permite remapear a tecla Fn modificando o manipulador de interrupções do BIOS.
Fonte: http://en.wikipedia.org/wiki/Fn_key#Technical_details
Resposta à pergunta: Remapeamento não é possível via sistema operacional, mas apenas via BIOS (em alguns casos).