Pode haver várias coisas - o uso excessivo do controlador USB, problemas de tamanho / vários arquivos, problemas de fonte de alimentação, configuração de partições e a lista continua.
A primeira coisa que eu observaria é a configuração da partição, que por sua vez se refere ao tamanho do arquivo e / ou vários problemas de arquivo. Se o HDD externo estiver formatado como FAT ou FAT32, pare agora, reformate o disco rígido como NTFS (obviamente isso limpa a unidade, faça backup primeiro, se necessário) e inicie a transferência novamente. O FAT32 possui restrições de tamanho de arquivo de 4 GB, qualquer coisa maior (por exemplo, um rasgo de filme de 1080p, DVD ISO etc.) e a velocidade de transferência diminui e, eventualmente, nada acontecerá. Situação semelhante com vários arquivos, USB é serial, significando "in-line"; portanto, se você tiver 5 transferências simultâneas, o "barramento" diminuirá a velocidade. 1 cópia = velocidade máxima, 2 cópias = meia velocidade, 3 cópias = velocidade de um quarto, 4 cópias = 1/8 de velocidade e assim por diante.
Desconecte outros dispositivos USB (não necessários) durante a transferência. Cada dispositivo, a menos que seja alimentado externamente, obtém + 5v do controlador USB e da fonte de alimentação do computador. Muitos dispositivos USB e coisas ficam instáveis. Da mesma forma, se a fonte de alimentação do computador não for muito boa. Ondulações de CC ou flutuações de tensão causam instabilidade e comportamento irregular ... não apenas no USB (que é a placa principal), mas em quase tudo. Isso dificulta a localização de falhas. Ainda mais se o computador for um laptop.
EDIT: Eu perdi uma parte do seu post original - a parte sobre a inicialização de um Linux Live CD porque o Windows não inicializa ...
Que parte do processo de inicialização ele chega? BSOD ou redefinir ou congelar?
É improvável que seja fragmentação. E não tenho certeza se o Linux Live CD talvez tenha limitações de USB (rodando a toda velocidade (12Mb / s) em vez de alta velocidade (400Mb / s)) ... mas, pelo que parece, eu estaria colocando meu dinheiro em setores defeituosos no disco rígido SATA.
Sei que você precisa fazer backup de todos os dados possíveis enquanto a unidade ainda estiver ativa, comprar se conseguir colocar um disco de diagnóstico do disco rígido (dependente do fabricante do disco rígido suspeito) ou usar o CD Ultimate Boot - que possui a maioria das ferramentas de diagnóstico de disco rígido ( http://www.ultimatebootcd.com/download.html ) e executa um teste de diagnóstico completo; é provável que você encontre vários setores defeituosos. Essas são partes físicas do disco que não podem mais ser lidas (corretamente) e uma boa indicação de falha iminente e irreparável do disco rígido.
Se for esse o caso, talvez seja necessário ficar satisfeito com o que pode.
Dito isto, não há como saber onde estão os setores defeituosos no disco rígido e quais dados são afetados. Assim, você poderá obter mais dados detalhando a estrutura de diretórios e fazendo pasta por pasta (em vez de tentar copiar todo o lote de uma só vez). Se ele parar em uma pasta, faça uma busca detalhada e faça uma subpasta por subpasta (ou arquivo por arquivo) até você solucionar os dados incorretos. Infelizmente, não há nada que você possa fazer sobre os dados afetados por um setor defeituoso.
Entre em contato se precisar de mais ajuda ou esclarecimento.