Na verdade, algumas respostas aqui não estão corretas. Arquivos ZIP também podem ter permissões de arquivo. (*) Você pode listar as permissões dos arquivos no seu arquivo ZIP com:
unzip -Z
Talvez a ferramenta que você usou para criar o arquivo ZIP não armazene as permissões ou não as armazene corretamente.
Portanto, se você mesmo criou o arquivo ZIP , verifique a ferramenta com a qual ele foi criado. Talvez haja uma maneira de definir permissões antes de compactar (como no maven) ou preservar as permissões originais (mas isso funcionaria apenas em um sistema que suporta permissões - ou seja, não no Windows).
Se você não criou o arquivo ZIP , sua única chance é definir as permissões corretas após descompactar, por exemplo, com
chmod -R [permissions] [directory]
(*) Utilizamos esse recurso em combinação com o plug-in maven assembly, onde é possível especificar o fileMode para os arquivos que entram no arquivo ZIP.