O pessoal do software não vai gostar, mas da perspectiva do hardware, não há razão para que dois sistemas não possam ter acesso ao mesmo armazenamento. Se alguém escreve e lê apenas, não há problema, exceto tentar ler de um arquivo ainda não concluído. Estou certo de que isso pode ser resolvido simplesmente aguardando um tempo prescrito antes de tentar ler o arquivo. Se os dois sistemas quiserem ler e escrever, um semáforo simples pode ser criado usando arquivos.
Essa seria uma maneira segura de transferir dados entre sistemas. A menos que os sistemas executem os arquivos, os vírus em um sistema não poderão infectar o outro sistema. O arquivo infectado estaria presente, mas seria apenas um arquivo.
Eu mesmo considerei projetar esse dispositivo, mas nunca parece ter tempo. Uma placa de desenvolvimento com duas portas escravas USB (B) e uma porta host USB (A) poderia fazê-lo. Apenas passe todos os comandos que chegam em qualquer porta escrava para a porta do host. Conecte uma unidade USB ou pen drive na porta do host. Não seria tão simples, mas seria um ponto de partida.