Eu tinha o mesmo cenário que você (SSD de 64 GB + HD de 750 GB) e estava fazendo uma instalação limpa.
Primeiro, mudei meus arquivos de dados antigos do perfil de usuário da unidade OS anterior para pastas com nomes semelhantes na segunda unidade. Por exemplo, copiei C: \ Users \ Me \ Documents para D: \ Documents.
Depois, usei o recurso de biblioteca no Windows 7 para adicionar as pastas de dados às bibliotecas apropriadas. Isso é fácil de fazer. Após inicializar o sistema Windows 7, usei o Windows Explorer para encontrar a pasta D: \ Documents. Em seguida, cliquei com o botão direito do mouse em D: \ Documents e escolha "Incluir na biblioteca"> "Documentos".
Você também pode configurar o local de salvamento padrão por biblioteca para que os programas que acessam a biblioteca salvem seus arquivos automaticamente na segunda unidade. Clique com o botão direito na biblioteca e escolha "Propriedades". Quando a janela de propriedades aparecer, você verá uma lista de todos os locais incluídos na biblioteca. Por padrão, o Windows 7 inclui a pasta do seu perfil (C: \ Users \ Me \ Documents) e uma pasta do perfil padrão (C: \ Users \ Public \ Documents). Você também deve ver a pasta que você acabou de adicionar (D: \ Documents). Clique em D: \ Documents e, em seguida, clique no botão "Definir local da gravação" e clique em OK.
Você pode fazer o mesmo nas bibliotecas "Música", "Imagens" e "Vídeo". E se você realmente quer enlouquecer, também pode criar suas próprias bibliotecas. Por exemplo, criei um chamado "Software" onde salvei todos os meus arquivos de instalação, instalador e ISO.
Funciona muito bem para mim. Meus arquivos estão na outra unidade e ainda são fáceis de encontrar. Aqui está um artigo com mais informações: Windows 7 Feature Focus: Libraries