A seleção dessa opção compacta basicamente todos os arquivos DLL e SYS antigos na pasta Windows que não foram acessados recentemente ou nunca. Ele usa a compactação NTFS normal incorporada e, para ser muito sincero nos discos rígidos de hoje, tem pouco ou nenhum impacto nos tamanhos das pastas. Esses arquivos já ocupam espaço mínimo.
O How-To Geek tem um artigo aqui descrevendo como ajustá-lo. A descrição mais precisa do The Elder Geek aqui é:
Ao contrário das outras categorias, o Compress Old Files não exclui nenhum arquivo da unidade. Ele comprime os arquivos que o Windows não acessou por um período especificado. Os arquivos ainda estão disponíveis, mas haverá um ligeiro aumento nos tempos de acesso, porque os arquivos serão descompactados na próxima vez em que forem acessados. Observe que quando Compactar arquivos antigos é destacado, um botão Opções é exibido. Clicar nele permitirá que você defina o número de dias a esperar antes que um arquivo não acessado seja compactado.
Para responder à segunda parte da sua pergunta, a compactação NTFS é razoável se você estiver armazenando muitos dados como músicas, documentos e vídeos e NÃO deve ser ativada na unidade do sistema operacional. Se você tiver uma segunda unidade apenas para armazenamento, ela poderá ser ativada, no entanto, as taxas de compactação são extremamente pequenas. Você não verá 100 GB de espaço economizado usando esse recurso e não é tão compacto quanto compactar os arquivos, por exemplo.
Entre outros, o SQL Server não permite que seu banco de dados seja armazenado em volumes compactados NTFS, pois o desempenho na descompactação é extremamente caro.