Comportamentos estranhos geralmente resultam de drivers mal escritos e de um freeware pior, mais do que de vírus mal escritos.
Dito isto, o uso aleatório do disco rígido pode realmente ser o sistema operacional ou um indexador fazendo coisas especificamente quando o computador não está ocupado.
O tráfego de rede aleatório costumava ser um bom sinal, mas hoje em dia os rootkits permanecerão bastante inativos até algum ponto muito mais tarde. Quando eles começam a enviar spam em nome de seus novos mestres, você pode nem perceber o tráfego extra, e os ISPs parecem ter desistido de ligar para seus clientes.
As configurações que voltam a ser alteradas logo após as alterações ou quando você reinicia podem ter sido um sinal, mas agora alguns programas são escritos de maneira tão ruim assim. Embora as configurações do sistema operacional nunca devam se comportar dessa maneira.