O Git armazena conteúdo exclusivamente em seu repositório, com base no hash calculado de qualquer arquivo. Se meu diretório tiver duas cópias do mesmo arquivo em algum lugar dentro dele, o git só o armazenará uma vez.
Gostaria de saber se esse mesmo conceito foi implementado no nível do sistema operacional como algum tipo de sistema de arquivos?
Se um sistema de arquivos agisse dessa maneira por padrão, ajudaria muito com problemas de dll hell . Essencialmente, ele faria o link simbólico automaticamente em seu nome. Qualquer aplicativo pode ser empacotado (como um jar) em um diretório com todas as suas dependências e sem custo extra de armazenamento.
Os entusiastas de Ruby compartilham bibliotecas publicando-as como rubygems. Ainda assim, esse esforço para compartilhar gemas resultou em pesadelos de implantação que levaram ao conceito Vendor Everything de copiar todas as dependências em pastas locais para evitar esses pesadelos.