No meu entender, é inútil tentar evitar "duplicar" os arquivos no novo backup USB. Aqui está o porquê:
Acabei de experimentar a mesma situação do OP e, por meio do bate-papo oficial do Suporte da Apple, passei pelo processo de recuperação manual dos arquivos usando o Finder para acessar o banco de dados de backup da TM. O que eu descobri - e validado pelo OAP - é que a TM cria uma cópia completa do HDD EXTERNO cada vez que o faz o backup. (Não é assim para o HD interno)
Ou seja, eu vou para CADA "pasta de data" e um conjunto completo de meus arquivos está lá (na data do backup, obviamente) tendo efetivamente dezenas de cópias dos arquivos mais antigos. A OEA confirmou que isso ocorre "por projeto", na verdade, é bastante ineficiente em termos de velocidade e espaço, e é uma das razões pelas quais a TM coloca os discos externos na lista de exclusão por padrão e automaticamente.
Assim, após a recuperação, terei que ir para CADA pasta no banco de dados e excluir os arquivos dos backups "antigos", se desejar economizar espaço no disco do Time Capsule. Como você pode ver, "mapear" os discos antigos e novos de backup não tem efeito na redução da quantidade de vezes que os arquivos são copiados no banco de dados de backup.
Novamente, esse foi um caso real e com o bate-papo do Suporte oficial da Apple.
Espero que isso acrescente recomendações e comentários anteriores ou outras experiências, pelo contrário, sejam bem-vindas.
Alguma recomendação sobre um software MacOS de backup INCREMENTAL melhor para fazer backup de unidades USB? E para fazer backup de um NAS? - Esqueça a nuvem, que levará meses para se recuperar no caso de uma grande falha (e fora dos EUA você não recebe serviços de entrega de discos de recuperação), então eu o tenho, mas como um caso do Plan-C.