O FTPS é FTP usando o protocolo SSL / TLS para criptografia. Isso é diferente da família de protocolos SCP / SFTP que usam SSH como seu túnel de transporte.
Você geralmente usará programas clientes como o WinSCP para SCP e SFTP (SFTP é uma versão atualizada do SCP), enquanto você usaria normalmente um navegador da web ou um gerenciador de downloads da web (como o Filezilla ) para FTPS.
O FTPS é baseado na Web, usando uma sintaxe e semântica de comandos de texto, enquanto o SFTP é baseado nos protocolos de shell seguros comuns nos sistemas * NIX.
Este artigo descreve bem as diferenças: http://www.codeguru.com/csharp/.net/net_general/internet/article.php/c14329/FTPS-vs-SFTP-What-to-Choose.htm
Editar: Para expor conforme solicitado:
O FTP é um protocolo da Internet que remonta a 1971 (com várias atualizações ao longo dos anos). Ele se concentra principalmente na distribuição de conteúdo e, no caso do FTPS, usa SSL para fornecer proteção contra escutas e modificações ilícitas. A autenticação FTP requer SSL, para proteger credenciais em trânsito.
A maioria dos navegadores requer um plug-in externo para utilizar o FTPS, em parte porque ele não é mais um protocolo comumente usado. Quando era popular, os navegadores da Web eram quase exclusivamente apenas HTTP, e todos usavam um cliente FTP separado. Na época em que o FTP / FTPS fazia mais sentido, o HTTP não era capaz de lidar bem com downloads de arquivos. Somente depois que o HTTP \ 1.1 foi publicado em 1997 (e atualizado em 1999), o HTTP conseguiu lidar adequadamente com fluxos binários.
É notável que HTTP e FTP usem semântica e sintaxe quase idênticas, e até mesmo usem os mesmos códigos de retorno conhecidos (200, 301, 403, 404, 500, etc.). O FTP é um pouco mais antigo (o HTTP foi padronizado em 1989 após o TCP \ IP se tornar dominante). As semelhanças significativas entre os dois protocolos indicam uma linhagem compartilhada, ou pelo menos um conjunto de convenções compartilhadas. Eu acho que esse é o motivo mais do que suficiente para chamar o FTP "baseado na Web", juntamente com outros protocolos principais da camada de aplicativos, como HTTP, SMTP e DNS (embora o DNS use um layout binário, não texto como HTTP / FTP / SMTP).
A família SSH é um conjunto de protocolos focados na administração de servidores e acesso remoto à capacidade de processamento de servidores, em vez de simples distribuição de conteúdo. Ele permite que usuários privilegiados de um sistema se conectem a um shell para executar trabalhos no próprio servidor. O SCP e o SFTP foram desenvolvidos para suportar as muitas tarefas de gerenciamento de arquivos relacionadas a esse trabalho. Imagine que você precisa instalar uma atualização para sua instância do Apache em um servidor remoto. você instala, use scp \ sftp para carregar o pacote de atualização e execute-o para instalar. Um fluxo de trabalho bastante diferente do que você pode obter com o FTPS.
Espero que ajude a esclarecer.