Embora essa resposta possa ser de baixa qualidade, e você já passou por isso, eu não vi isso mencionado. Por uma questão de completude:
Primeiro, certifique-se de que qualquer antivírus, antimalware ou qualquer outra coisa não esteja protegendo sua inicialização / serviços. Às vezes, esses aplicativos criam uma "gaiola" para evitar que malfeasantware estrague seu registro / inicialização. Se você achar que este é o caso, tente suas desativações dentro do aplicativo protetor.
Em seguida, nas configurações (ou ícone de notificação) para os aplicativos que você deseja impedir de iniciar na inicialização: certifique-se de desativar qualquer um dos "inicie este aplicativo com o Windows". Pelo menos alguns deles devem ter configurações para isso. Deixar a configuração desse "on" no nível do aplicativo pode, às vezes, forçar o msconfig a obedecer.
Agora, juntamente com alguns dos excelentes aplicativos sugeridos aqui, ccleaner tem a capacidade de realmente remover as entradas de inicialização completamente. Desmarcar para "desativar" é uma aposta mais segura, mas eu descobri que, no passado, removê-los completamente tende a ser bastante à prova de falhas (supondo que as configurações do aplicativo dizem que não executar no boot). Faça backup do seu registro ou faça um ponto de restauração e exclua suas startups.
O raciocínio por trás disso é que a desabilitação deixa as chaves presentes, enquanto a exclusão da chave geralmente requer uma reinstalação de software para colocá-la de volta. Se algo que você não estiver perdendo, exclua-a. Se isso ainda voltar, isso pode ser um sinal de que um aplicativo subjacente está protegendo (ou seqüestrando) sua inicialização.
Não procurando votos, só queria adicionar teorias completas às já boas respostas.