É improvável que a máquina inteira morra, mas se ainda houver algo nos buffers de gravação de arquivo, você perderá esses dados ... e basicamente a máquina provavelmente não saberá a diferença entre você desligá-lo e desligá-lo devido a um corte de energia.
Os serviços não terão a chance de se desligar de maneira limpa. Por exemplo, se você estiver executando um servidor da Web, quando for solicitado a desligar, poderá concluir todas as solicitações existentes (com um tempo limite), em vez de a conexão simplesmente desaparecer.
O "buffer de gravação de arquivo" não precisa ser apenas o buffer do Windows. Novamente, usando um exemplo de servidor da web, o log pode ser armazenado em buffer, de modo que ele só grava no disco a cada 100 solicitações ou algo semelhante. Um desligamento limpo liberará isso adequadamente; um desligamento difícil não.
Se você possui serviços on-line, um desligamento limpo pode desconectá-lo adequadamente, em vez de pensar no serviço que você poderia ter apenas problemas de rede.
Pense basicamente em qualquer coisa que um sistema possa querer ao fechar em termos de discos integrados ou conexões com outros sistemas (como conexões de rede) - todos ficarão mais felizes quando desligados corretamente.