Eu pareço ter um evento "imortal" - quando eu inicio o Skype eu sempre recebo um evento que um dos meus contatos me chamou. Clicar em "Marcar todos os vistos" o removerá, até a próxima vez que eu iniciar o Skype e ele estiver lá. Isso tem me deixado louco!
Eu tive esse problema também, mas na versão Linux. No final, descobri que, em vez de usar o X ou o "mark all viewed", eu poderia clicar com o botão direito do mouse na entrada e excluí-lo de lá. Não sei se isso funciona para o Windows também.