Fazendo a partir do Windows
Eu tive um grande sucesso usando YUMI , é fácil e agradável e suporta ISOs personalizados (mantenha-o atualizado para as novas distribuições).
Você também pode experimentar o SARDU e o XBOOT .
Easy2Boot funciona em Windows e Linux. Eu ainda não tentei.
Fazendo do Linux
Eu tentei muitos, infelizmente a maioria não é tão estável e agradável quanto o YUMI.
O MultiSystem funciona bem (embora às vezes seja de buggy), com o MultiSystem com muito mais funcionalidade e personalização (incluindo tamanhos de partição de dados persistentes). Também é feito pelo povo francês, portanto, algumas dicas de ferramentas são francesas, mas você pode usar ícones e a interface em inglês localizada principalmente.
Eu também usei o multibootusb simple, funciona bem, mas você precisa digitar o nome do arquivo * .iso para inicializá-lo (talvez devido a um erro / por design?).
Eu usei o UNetbootin (disponível no Ubuntu Universe repo).
A maioria desses programas é front-end para o Syslinux. Você também pode fazer isso manualmente no Linux: http://www.pendrivelinux.com/boot-multiple-iso-from-usb-via-grub2-using-linux/