Você pode criar um arquivo de sinalizador. Quando o programa é iniciado pela primeira vez, ele verifica se o sinalizador já está lá e sai se estiver. Quando o programa é concluído, ele cria o arquivo de sinalizador.
SET FLAG=C:\Flag.txt
IF EXIST %FLAG% GOTO END
DO WORK > %FLAG%
:END
EOF
rótulo interno em vez de definir um novo.