Arquivos copiados para partições NTFS no Ubuntu são excluídos pelo Windows 8

Eu tenho o Ubuntu 13.10 e o Windows 8.1 instalado, ambos de 64 bits (inicialização dupla). Sempre que crio ou copio arquivos para qualquer uma das partições NTFS do Ubuntu, esses arquivos são excluídos quando eu faço o login no Windows. Quando eu entro no Ubuntu novamente, os arquivos não estão lá. Vi perguntas semelhantes quando as pessoas hibernam janelas. O problema é: eu não hiberno. Desliguei o Windows corretamente. Desabilitei a opção de inicialização rápida no Windows e o Fastboot da BIOS.

O mesmo problema ocorreu ao usar o Linux Mint.

Como posso consertar isso ?

Atualização: Consegui encontrar o log de eventos exato referente a esse problema no Windows Event Viewer, que diz: "A estrutura do sistema de arquivos no volume D: agora foi reparada." e na seção de detalhes:

EventData

VolumeIdLength 2

VolumeId D:

RepairDetail 25008: Iniciar reparo em 02/05/2014 às 20: 53: 12: 946 25017: Processando verbo de reparo IndexEntry: 0x5000000000005, "$ I30", "line-mozart.avi" Sinalizadores: 0x32, 0x0 26065: Excluindo entrada de índice line-mozart.avi no índice 0x5000000000005 do arquivo 0x2000000003498. 25009: Reparo final em 02/05/2014 às 20: 53: 12: 946

RepairDataLength 152

...

Nota: "line-mozart.avi" é o nome do arquivo que foi excluído desta vez.

Atualização 2: Entrei em contato com o suporte ao vivo da Microsoft e eles disseram que é um problema de terceiros, não da Microsoft, e eles não farão nada a respeito. Além disso, minha pergunta no ask Ubuntu foi encerrada porque é uma pergunta "fora de tópico" e não é um problema do Ubuntu.

Agora não posso trabalhar sem o Ubuntu e ainda preciso do Windows, alguém pode ajudar?

Eu descobri que o cache do SSD era a causa do problema e desabilitá-lo resolveu o problema.

No meu caso, um programa chamado ExpressCache estava lidando com o cache de SSD no Windows e, por algum motivo, não funciona bem com a inicialização dupla. Acabei de desinstalá-lo da maneira normal que você desinstala um programa no Windows e, após a reinicialização, tudo foi corrigido. No entanto, isso tem a desvantagem de desistir do aumento de desempenho fornecido pelo cache do SSD. De qualquer forma, eu formatei a partição SSD e agora a usarei como uma unidade de armazenamento normal.

Se alguém tiver uma unidade híbrida e tiver enfrentado o mesmo problema, primeiro descubra qual programa está lidando com o cache do seu SSD (provavelmente é o ExpressCache ou o Intel RST) e desative o cache do SSD nas opções do programa (caso Intel) ou desinstalando o programa (Caso do ExpressCache).

Até encontrar um software de cache SSD que lide com a inicialização dupla, continuarei com esta solução.