Como você está usando o Notepad ++, presumo que você esteja usando o Windows. Você tem algumas outras opções para classificar o conteúdo grande do arquivo de texto em ordem alfabética.
Meu favorito pessoal é o PowerShell. Você pode usar o cmdlet Sort-Object . O comando a seguir mostra um exemplo de como usar o cmdlet. Primeiro, lemos o conteúdo (Get-Content) do MyFile.txt, passamos para o cmdlet Sort-Object (Sort) e produzimos o resultado em um novo arquivo (Out-File).
Get-Content MyFile.txt | Sort | Out-File MySortedFile.txt
Outra opção é usar o comando de classificação no prompt de comando.
sort MyFile.txt /o MySortedFile.txt
Finalmente, a última opção é usar uma ferramenta online: miniwebtool.com ou sortlines.com fará o trabalho.