Antes de tudo, assumo que os arquivos que terminam com "~", criados pelo vim ao editar um arquivo, realmente servem ao propósito de backups temporários durante a edição.
Mas toda vez que abro um arquivo com o vim e o fecho (: wq), depois encontro esse arquivo ~. Por que o vim não está limpando? Presumo que haja algo não configurado corretamente.