Eu tive o mesmo problema. Abrindo o terminal e executando o comando
sudo gdisk -l /dev/sda
indicou que tenho as tabelas MBR e GPT presentes. Isso aconteceu porque eu tinha originalmente o Windows 8 pré-instalado no meu computador. O Windows 8 usa o esquema GPT. Eu instalei o Windows 7 sobre ele. O Windows 7 está usando MBR e, finalmente, meu disco acaba sendo MBR com alguns dados GPT perdidos.
Este é um problema conhecido e pode ser corrigido usando o FixParts
fixparts /dev/sda
O programa detectará o problema automaticamente e proporá solução. Mais detalhes aqui, se você estiver interessado.
O programa está prontamente disponível no Ubuntu 14.04 live usb.