A pergunta é muito ampla para ser respondida com precisão, no entanto, a resposta é definitivamente talvez!
Você não mencionou de qual ISO você estará inicializando. Como não sabemos, significa que a resposta é sim, ele pode ter um código malicioso que destrói os dados, pode ter razões legítimas, como armazenar informações sobre a sessão ou alterações na configuração. Pode fazer alterações úteis no registro para corrigir problemas. Então, como você pode ver, pode fazer alterações para o bem ou para o mal.
O fato de você usá-lo sugere que provavelmente vem de uma fonte confiável, aumentando a probabilidade de não danificar seus arquivos, mas a resposta é sim, a inicialização a partir de uma ISO pode afetar os arquivos. Quer seja ou não, não podemos responder.