As versões beta são independentes uma da outra. Você pode instalá-los simultaneamente ou não.
Basta arrastar e soltar a versão beta que você não deseja mais na lixeira, montar a versão mais recente e copiá-la na pasta de aplicativos (ou onde quer que você instale os aplicativos, se diferente).
Certifique-se de atualizar suas ferramentas de linha de comando no portal dev, quando aplicável também (FYI até agora, o Xcode 6 B3 não possui atualizações da ferramenta de linha de comando).
Se você deseja ser pedante no processo de desinstalação, além do diretório de Aplicativos, o Xcode também instala arquivos nos seguintes diretórios:
/Users/[USER]/Library/Caches
/Users/[USER]/Library/Caches
~/private/var/folders/60/[key]/C
/Users/[USER]/Library/Caches/com.apple.dt.Xcode.savedState
/Users/[USER]/Library/Preferences
/Users/[USER]/Library/Application Support
Se você deseja removê-los, é fácil identificar os arquivos individuais, pois seus nomes mencionam 'xcode' em algum momento.
EDITAR As novas ferramentas de linha de comando para o Xcode 6 B3 já estão disponíveis: https://developer.apple.com/downloads/index.action?name=Xcode