Tecnicamente, existem alguns casos em que isso faria diferença. De um modo geral, mesmo quando essa diferença existe, não será perceptível até para um jogador profissional.
Os controladores USB 3.0 e USB 2.0 em placas-mãe modernas são implementados de maneira diferente, principalmente devido à taxa de transferência de dados exigida pelo USB 3.0. Em alguns chipsets, você encontra o USB 2.0 como essencialmente dispositivo PCI em um hub de supercomunicações que também lida com todos os outros dispositivos lentos, como discos rígidos, áudio, ethernet, portas paralelas e seriais, etc. Isso existia no chip southbridge, que foi conectado à ponte norte através de uma camada de mídia semelhante a um barramento PCIexpress. A northbridge lidava com coisas de alta velocidade, como memória, gráficos, PCIexpress etc.
Isso significava que uma transação USB envolvia várias outras transações - PCI, depois a interface de mídia, depois a interface da CPU, antes de ser manipulada.
O USB 3.0 foi introduzido ao mesmo tempo em que a ponte norte / ponte sul dava lugar ao PCH (Platform Controller Hub). A maioria das tarefas da northbridge foi absorvida pela própria CPU - memória, PCIexpress, etc., enquanto as tarefas da northbridge restantes e da southbridge foram para a PCH. O PCH está basicamente executando um slot PCI Express.
Os caminhos, no entanto, ainda são muito diferentes. Embora o USB 3.0 e o USB 2.0 estejam integrados à PCH, o USB 2.0 ainda é implementado como se fosse um dispositivo controlador PCI lento. Não há razão para a Intel reprojetar o silício de uma peça comprovada, por isso é integrado à PCH da mesma forma que foi integrado à ponte sul, com todos os gargalos presentes e latência adicional que possuía antes.
No entanto, o USB 3.0 está muito mais próximo da CPU. Embora isso deva ser responsável principalmente pelo aumento da taxa de transferência, também afeta a latência - há menos transações envolvidas na obtenção de uma transação USB 3.0 na memória ou na CPU, e as interrupções podem ser acionadas mais rapidamente.
No entanto, a diferença entre a latência do USB 2.0 e a latência do USB 3.0 seria medida em nanossegundos. Certamente não é perceptível até mesmo pelos melhores jogadores de twitch da atualidade. Existe, mas é praticamente inútil.