Atualmente, não há como fazer o que você está pedindo.
Cada pacote Chocolatey é único no sentido de que pode ser um invólucro em torno de um MSI ou EXE, ou pode ser uma extração simples de um arquivo compactado para um local conhecido, como C: \ tools, ou um módulo do PowerShell que extrai para PSModulePath, ou pode ser algo completamente personalizado.
Esse é um efeito colateral do ecossistema do Windows, onde existem várias maneiras de fazer a mesma coisa. O Chocolatey está tentando trazer algum tipo de ordem para isso, fornecendo um mecanismo para encontrar pelo menos todos os pacotes que você deseja em um só lugar, mas há muito o que o Chocolatey pode fazer.
Se você observar as coisas de maneira completamente diferente, é possível passar argumentos de instalação para um pacote Chocolatey usando o seguinte:
https://github.com/chocolatey/chocolatey/wiki/CommandsInstall#installarguments-optional---v09813
Isso poderia, em teoria, alterar os argumentos de instalação de um pacote Chocolatey baseado em MSI ou EXE para mudar para onde os arquivos estão instalados. Você pode ver um exemplo dessa abordagem sendo usada aqui:
http://chocolatey.org/packages/VisualStudio2013Ultimate
No entanto, essa abordagem é limitada. Nem todo mundo dedica um tempo, como Matt, para mencionar os possíveis argumentos de instalação possíveis, e é um processo complicado extrair os argumentos de instalação possíveis de serem enviados para um MSI ou EXE.
Em termos de ChocolateyGUI, e como atual mantenedor desse produto, posso dizer que ele não faz nada de inteligente nesta área :-). É simplesmente um invólucro das ferramentas de linha de comando que o Chocolatey fornece e tem como objetivo facilitar as pessoas que não gostam de usar a linha de comando.
--shimgen-noop
switch, veja a minha resposta