Vazamento de memória invisível no Linux - Ubuntu Server (não em cache / buffers de disco!)

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Resumo de agosto de 2015

Observe que isso ainda está acontecendo. Isso não está relacionado ao linuxatemyram.com - a memória não é usada para cache / buffers de disco. É o que parece no NewRelic - o sistema vaza toda a memória, consome todo o espaço de troca e depois trava. Nesta captura de tela, reiniciei o servidor antes de ele travar:

insira a descrição da imagem aqui

É impossível identificar a origem do vazamento usando ferramentas comuns do espaço do usuário. Agora existe uma sala de bate-papo para discutir esse problema: http://chat.stackexchange.com/rooms/27309/invisible-memory-leak-on-linux

A única maneira de recuperar a memória "ausente" parece ser a reinicialização do servidor. Esse é um problema antigo, reproduzido no Ubuntu Server 14.04, 14.10 e 15.04.

Topo

O uso da memória não aparece na parte superior e não pode ser recuperado mesmo após a eliminação de quase todos os processos (excluindo itens como processos do kernel e ssh). Observe os campos "Mem em cache", "buffers" e "free" na parte superior, eles não estão usando a memória, a memória usada está "ausente" e irrecuperável sem uma reinicialização.

Tentar usar essa memória "ausente" faz com que o servidor troque, fique lento para um rastreamento e, eventualmente, congele.

root@XanBox:~# top -o +%MEM
top - 12:12:13 up 15 days, 20:39,  3 users,  load average: 0.00, 0.06, 0.77
Tasks: 126 total,   1 running, 125 sleeping,   0 stopped,   0 zombie
%Cpu(s):  0.1 us,  0.2 sy,  0.0 ni, 99.7 id,  0.0 wa,  0.1 hi,  0.0 si,  0.0 st
KiB Mem:   2,040,256 total,  1,881,228 used,    159,028 free,     1,348 buffers
KiB Swap:  1,999,868 total,     27,436 used,  1,972,432 free.    67,228 cached Mem

  PID USER      PR  NI    VIRT    RES    SHR S  %CPU %MEM     TIME+ COMMAND
11502 root      20   0  107692   4252   3240 S   0.0  0.2   0:00.06 sshd: deployer [priv]
11336 root      20   0  107692   4248   3240 S   0.0  0.2   0:00.06 sshd: deployer [priv]
11841 root      20   0  107692   4248   3240 S   0.0  0.2   0:00.06 sshd: deployer [priv]
11301 root      20   0   26772   3436   2688 S   0.7  0.2   0:01.30 /usr/sbin/openvpn --writepid /var/run/openvpn.zanview.com.pid --status /var/run/openvpn.zanview.com.status 10 --cd /etc/openvpn --config /etc/openvpn/z+
11385 deployer  20   0   19972   2392   1708 S   0.0  0.1   0:00.03 -bash
11553 deployer  20   0   19972   2388   1708 S   0.0  0.1   0:00.03 -bash
11890 deployer  20   0   19972   2388   1708 S   0.0  0.1   0:00.02 -bash
11889 deployer  20   0  108008   2280    944 S   0.0  0.1   0:00.25 sshd: deployer@pts/3
12009 root      20   0   18308   2228   1608 S   0.0  0.1   0:00.09 -su
12114 root      20   0   18308   2192   1564 S   0.0  0.1   0:00.04 -su
12007 root      20   0   67796   2136   1644 S   0.0  0.1   0:00.01 sudo su -
12112 root      20   0   67796   2136   1644 S   0.0  0.1   0:00.01 sudo su -
12008 root      20   0   67376   2016   1528 S   0.0  0.1   0:00.01 su -
12113 root      20   0   67376   2012   1528 S   0.0  0.1   0:00.01 su -
    1 root      20   0   33644   1988    764 S   0.0  0.1   2:29.77 /sbin/init
11552 deployer  20   0  107692   1952    936 S   0.0  0.1   0:00.07 sshd: deployer@pts/2
11384 deployer  20   0  107692   1948    936 S   0.0  0.1   0:00.06 sshd: deployer@pts/0
12182 root      20   0   20012   1516   1012 R   0.7  0.1   0:00.08 top -o +%MEM
 1152 message+  20   0   39508   1448    920 S   0.0  0.1   1:40.01 dbus-daemon --system --fork
 1791 root      20   0  279832   1312    816 S   0.0  0.1   1:16.18 /usr/lib/policykit-1/polkitd --no-debug
 1186 root      20   0   43736    984    796 S   0.0  0.0   1:13.07 /lib/systemd/systemd-logind
 1212 syslog    20   0  256228    688    184 S   0.0  0.0   1:41.29 rsyslogd
 5077 root      20   0   25324    648    520 S   0.0  0.0   0:34.35 /usr/sbin/hostapd -B -P /var/run/hostapd.pid /etc/hostapd/hostapd.conf
  336 root      20   0   19476    512    376 S   0.0  0.0   0:07.40 upstart-udev-bridge --daemon
  342 root      20   0   51228    468    344 S   0.0  0.0   0:00.85 /lib/systemd/systemd-udevd --daemon
 1097 root      20   0   15276    364    256 S   0.0  0.0   0:06.39 upstart-file-bridge --daemon
 4921 root      20   0   61364    364    240 S   0.0  0.0   0:00.05 /usr/sbin/sshd -D
  745 root      20   0   15364    252    180 S   0.0  0.0   0:06.51 upstart-socket-bridge --daemon
 4947 root      20   0   23656    168    100 S   0.0  0.0   0:14.70 cron
11290 daemon    20   0   19140    164      0 S   0.0  0.0   0:00.00 atd
  850 root      20   0   23420     80     16 S   0.0  0.0   0:11.00 rpcbind
  872 statd     20   0   21544      8      4 S   0.0  0.0   0:00.00 rpc.statd -L
 4880 root      20   0   14540      4      0 S   0.0  0.0   0:00.00 /sbin/getty -8 38400 tty4
 4883 root      20   0   14540      4      0 S   0.0  0.0   0:00.00 /sbin/getty -8 38400 tty5
 4890 root      20   0   14540      4      0 S   0.0  0.0   0:00.00 /sbin/getty -8 38400 tty2
 4891 root      20   0   14540      4      0 S   0.0  0.0   0:00.00 /sbin/getty -8 38400 tty3
 4894 root      20   0   14540      4      0 S   0.0  0.0   0:00.00 /sbin/getty -8 38400 tty6
 4919 root      20   0    4368      4      0 S   0.0  0.0   0:00.00 acpid -c /etc/acpi/events -s /var/run/acpid.socket
 5224 root      20   0   24048      4      0 S   0.0  0.0   0:00.00 /usr/sbin/rpc.mountd --manage-gids
 6160 root      20   0   14540      4      0 S   0.0  0.0   0:00.00 /sbin/getty -8 38400 tty1
    2 root      20   0       0      0      0 S   0.0  0.0   0:03.44 [kthreadd]
    3 root      20   0       0      0      0 S   0.0  0.0   1:04.63 [ksoftirqd/0]
    5 root       0 -20       0      0      0 S   0.0  0.0   0:00.00 [kworker/0:0H]
    7 root      20   0       0      0      0 S   0.0  0.0  16:03.32 [rcu_sched]
    8 root      20   0       0      0      0 S   0.0  0.0   4:08.79 [rcuos/0]
    9 root      20   0       0      0      0 S   0.0  0.0   4:10.42 [rcuos/1]
   10 root      20   0       0      0      0 S   0.0  0.0   4:30.71 [rcuos/2]

Hardware

Eu observei isso em três servidores em cerca de 100 até agora (embora outros possam ser afetados). Um é um Intel Atom D525 a 1,8ghz e os outros 2 são Core2Duo E4600 e Q6600. Um está usando um controlador Ethernet Gigabit JMC250 da JMicron Technology Corp. Os outros estão usando o Qualcomm Atheros Attansic L1 Gigabit Ethernet (rev b0).

Eu executei o lshw nos servidores problemáticos, bem como em um servidor OK de exemplo. Servidores com problemas: http://pastie.org/10370534 http://pastie.org/10370537 e http://pastie.org/10370541 - OK Server: http://pastie.org/10370544

Aplicação

Esta é uma aplicação totalmente decapitada. Não há monitor conectado e, de fato, não há XServer instalado. Isso deve excluir drivers / problemas gráficos.

O servidor é usado para proxy e análise de vídeo RTSP usando live555ProxyServer, ffmpeg e openCV. Esses servidores processam muito tráfego porque esse é um aplicativo de CFTV: http://pastie.org/9558324

Eu tentei as versões tronco muito antigas e as mais recentes do live555, ffmpeg e openCV sem alterações. Eu também tentei usar o opencv através dos módulos python2 e python3, sem alterações.

O mesmo software / configuração exato foi carregado em cerca de 100 servidores; até agora, 3 confirmam que há vazamento de memória. Os servidores vazam lenta e furtivamente em torno de xMB (um vazamento de 8 MB, um é mais lento, um é mais rápido) por hora até que toda a RAM se esgote, os servidores começam a trocar muito, demoram a rastrear e exigem uma reinicialização.

Meminfo

Novamente, você pode ver o cache e os buffers sem consumir muita memória. O HugePages também está desativado, portanto, este não é o culpado.

root@XanBox:~# cat /proc/meminfo
MemTotal:          2,040,256 kB
MemFree:             159,004 kB
Buffers:               1,348 kB
Cached:               67,228 kB
SwapCached:            9,940 kB
Active:               10,788 kB
Inactive:             81,120 kB
Active(anon):          1,900 kB
Inactive(anon):       21,512 kB
Active(file):          8,888 kB
Inactive(file):       59,608 kB
Unevictable:               0 kB
Mlocked:                   0 kB
SwapTotal:         1,999,868 kB
SwapFree:          1,972,432 kB
Dirty:                     0 kB
Writeback:                 0 kB
AnonPages:            14,496 kB
Mapped:                8,160 kB
Shmem:                    80 kB
Slab:                 33,472 kB
SReclaimable:         17,660 kB
SUnreclaim:           15,812 kB
KernelStack:           1,064 kB
PageTables:            3,992 kB
NFS_Unstable:              0 kB
Bounce:                    0 kB
WritebackTmp:              0 kB
CommitLimit:       3,019,996 kB
Committed_AS:         94,520 kB
VmallocTotal: 34,359,738,367 kB
VmallocUsed:         535,936 kB
VmallocChunk: 34,359,147,772 kB
HardwareCorrupted:         0 kB
AnonHugePages:             0 kB
HugePages_Total:           0
HugePages_Free:            0
HugePages_Rsvd:            0
HugePages_Surp:            0
Hugepagesize:          2,048 kB
DirectMap4k:          62,144 kB
DirectMap2M:       2,025,472 kB

Saída livre

Free mostra o seguinte (observe que o cache e os buffers estão baixos, portanto, esse não é o cache do disco ou os buffers!) - a memória não é recuperável sem uma reinicialização: 

root@XanBox:~# free -m
             total       used       free     shared    buffers     cached
Mem:         1,992      1,838        153          0          1         66

Se subtrairmos / adicionarmos os buffers / cache ao Used and Free, veremos:

  • 1.772MB Realmente Usado (- Buffers / Cache) = 1.838MB usados ​​- Buffers 1MB - cache 66MB
  • 220 MB realmente gratuitos (+ buffers / cache) = 154 MB grátis + 1 MB buffers + 66 MB cache

Exatamente como esperamos:

-/+ buffers/cache:      1,772        220

Portanto, cerca de 1,7 GB não é usado pelo espaço do usuário e, de fato, é usado pelo kernel, pois o sistema está usando 53,7 MB (consulte a saída do PS Mem abaixo).

Estou surpreso com a quantidade de comentários que pensam que 1,7 GB é usado para cache / buffers - isso é fundamentalmente interpretar mal a saída! - esta linha significa memória usada, exceto buffers / cache , consulte linuxatemyram.com para obter detalhes.

Saída PS

Aqui está uma lista completa dos processos em execução classificados por memória:

# ps -e -o pid,vsz,comm= | sort -n -k 2
    2      0 kthreadd
    3      0 ksoftirqd/0
    5      0 kworker/0:0H
    7      0 rcu_sched
    8      0 rcuos/0
    9      0 rcuos/1
   10      0 rcuos/2
   11      0 rcuos/3
   12      0 rcu_bh
   13      0 rcuob/0
   14      0 rcuob/1
   15      0 rcuob/2
   16      0 rcuob/3
   17      0 migration/0
   18      0 watchdog/0
   19      0 watchdog/1
   20      0 migration/1
   21      0 ksoftirqd/1
   23      0 kworker/1:0H
   24      0 watchdog/2
   25      0 migration/2
   26      0 ksoftirqd/2
   28      0 kworker/2:0H
   29      0 watchdog/3
   30      0 migration/3
   31      0 ksoftirqd/3
   32      0 kworker/3:0
   33      0 kworker/3:0H
   34      0 khelper
   35      0 kdevtmpfs
   36      0 netns
   37      0 writeback
   38      0 kintegrityd
   39      0 bioset
   41      0 kblockd
   42      0 ata_sff
   43      0 khubd
   44      0 md
   45      0 devfreq_wq
   46      0 kworker/0:1
   47      0 kworker/1:1
   48      0 kworker/2:1
   50      0 khungtaskd
   51      0 kswapd0
   52      0 ksmd
   53      0 khugepaged
   54      0 fsnotify_mark
   55      0 ecryptfs-kthrea
   56      0 crypto
   68      0 kthrotld
   70      0 scsi_eh_0
   71      0 scsi_eh_1
   92      0 deferwq
   93      0 charger_manager
   94      0 kworker/1:2
   95      0 kworker/3:2
  149      0 kpsmoused
  155      0 jbd2/sda1-8
  156      0 ext4-rsv-conver
  316      0 jbd2/sda3-8
  317      0 ext4-rsv-conver
  565      0 kmemstick
  770      0 cfg80211
  818      0 hd-audio0
  853      0 kworker/2:2
  953      0 rpciod
  PID    VSZ
 1714      0 kauditd
11335      0 kworker/0:2
12202      0 kworker/u8:2
20228      0 kworker/u8:0
25529      0 kworker/u9:1
28305      0 kworker/u9:2
29822      0 lockd
 4919   4368 acpid
 4074   7136 ps
 6681  10232 dhclient
 4880  14540 getty
 4883  14540 getty
 4890  14540 getty
 4891  14540 getty
 4894  14540 getty
 6160  14540 getty
14486  15260 upstart-socket-
14489  15276 upstart-file-br
12009  18308 bash
12114  18308 bash
12289  18308 bash
 4075  19008 sort
11290  19140 atd
14483  19476 upstart-udev-br
11385  19972 bash
11553  19972 bash
11890  19972 bash
29503  21544 rpc.statd
 2847  23384 htop
  850  23420 rpcbind
29588  23480 rpc.idmapd
 4947  23656 cron
29833  24048 rpc.mountd
 5077  25324 hostapd
11301  26912 openvpn
    1  37356 init
 1152  39508 dbus-daemon
14673  43452 systemd-logind
14450  51204 systemd-udevd
 4921  61364 sshd
12008  67376 su
12113  67376 su
12288  67376 su
12007  67796 sudo
12112  67796 sudo
12287  67796 sudo
11336 107692 sshd
11384 107692 sshd
11502 107692 sshd
11841 107692 sshd
11552 108008 sshd
11889 108008 sshd
 1212 256228 rsyslogd
 1791 279832 polkitd
 4064 335684 whoopsie

Aqui está uma lista completa de todos os processos em execução:

root@XanBox:~# ps aux
USER       PID %CPU %MEM    VSZ   RSS TTY      STAT START   TIME COMMAND
root         1  0.0  0.0  33644  1988 ?        Ss   Jul21   2:29 /sbin/init
root         2  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:03 [kthreadd]
root         3  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   1:04 [ksoftirqd/0]
root         5  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [kworker/0:0H]
root         7  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21  16:03 [rcu_sched]
root         8  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   4:08 [rcuos/0]
root         9  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   4:10 [rcuos/1]
root        10  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   4:30 [rcuos/2]
root        11  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   4:28 [rcuos/3]
root        12  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:00 [rcu_bh]
root        13  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:00 [rcuob/0]
root        14  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:00 [rcuob/1]
root        15  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:00 [rcuob/2]
root        16  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:00 [rcuob/3]
root        17  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:13 [migration/0]
root        18  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:08 [watchdog/0]
root        19  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:07 [watchdog/1]
root        20  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:13 [migration/1]
root        21  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   1:03 [ksoftirqd/1]
root        23  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [kworker/1:0H]
root        24  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:07 [watchdog/2]
root        25  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:23 [migration/2]
root        26  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   1:01 [ksoftirqd/2]
root        28  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [kworker/2:0H]
root        29  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:07 [watchdog/3]
root        30  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:23 [migration/3]
root        31  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   1:03 [ksoftirqd/3]
root        32  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:00 [kworker/3:0]
root        33  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [kworker/3:0H]
root        34  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [khelper]
root        35  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:00 [kdevtmpfs]
root        36  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [netns]
root        37  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [writeback]
root        38  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [kintegrityd]
root        39  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [bioset]
root        41  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [kblockd]
root        42  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [ata_sff]
root        43  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:00 [khubd]
root        44  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [md]
root        45  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [devfreq_wq]
root        46  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21  18:51 [kworker/0:1]
root        47  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:00 [kworker/1:1]
root        48  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   1:14 [kworker/2:1]
root        50  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:01 [khungtaskd]
root        51  0.4  0.0      0     0 ?        S    Jul21  95:51 [kswapd0]
root        52  0.0  0.0      0     0 ?        SN   Jul21   0:00 [ksmd]
root        53  0.0  0.0      0     0 ?        SN   Jul21   0:28 [khugepaged]
root        54  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:00 [fsnotify_mark]
root        55  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:00 [ecryptfs-kthrea]
root        56  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [crypto]
root        68  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [kthrotld]
root        70  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:00 [scsi_eh_0]
root        71  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:00 [scsi_eh_1]
root        92  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [deferwq]
root        93  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [charger_manager]
root        94  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   1:05 [kworker/1:2]
root        95  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   1:08 [kworker/3:2]
root       149  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [kpsmoused]
root       155  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   3:39 [jbd2/sda1-8]
root       156  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [ext4-rsv-conver]
root       316  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   1:28 [jbd2/sda3-8]
root       317  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [ext4-rsv-conver]
root       336  0.0  0.0  19476   512 ?        S    Jul21   0:07 upstart-udev-bridge --daemon
root       342  0.0  0.0  51228   468 ?        Ss   Jul21   0:00 /lib/systemd/systemd-udevd --daemon
root       565  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [kmemstick]
root       745  0.0  0.0  15364   252 ?        S    Jul21   0:06 upstart-socket-bridge --daemon
root       770  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [cfg80211]
root       818  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [hd-audio0]
root       850  0.0  0.0  23420    80 ?        Ss   Jul21   0:11 rpcbind
root       853  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:00 [kworker/2:2]
statd      872  0.0  0.0  21544     8 ?        Ss   Jul21   0:00 rpc.statd -L
root       953  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul21   0:00 [rpciod]
root      1097  0.0  0.0  15276   364 ?        S    Jul21   0:06 upstart-file-bridge --daemon
message+  1152  0.0  0.0  39508  1448 ?        Ss   Jul21   1:40 dbus-daemon --system --fork
root      1157  0.0  0.0  23480     0 ?        Ss   Jul21   0:00 rpc.idmapd
root      1186  0.0  0.0  43736   984 ?        Ss   Jul21   1:13 /lib/systemd/systemd-logind
syslog    1212  0.0  0.0 256228   688 ?        Ssl  Jul21   1:41 rsyslogd
root      1714  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:00 [kauditd]
root      1791  0.0  0.0 279832  1312 ?        Sl   Jul21   1:16 /usr/lib/policykit-1/polkitd --no-debug
root      4880  0.0  0.0  14540     4 tty4     Ss+  Jul21   0:00 /sbin/getty -8 38400 tty4
root      4883  0.0  0.0  14540     4 tty5     Ss+  Jul21   0:00 /sbin/getty -8 38400 tty5
root      4890  0.0  0.0  14540     4 tty2     Ss+  Jul21   0:00 /sbin/getty -8 38400 tty2
root      4891  0.0  0.0  14540     4 tty3     Ss+  Jul21   0:00 /sbin/getty -8 38400 tty3
root      4894  0.0  0.0  14540     4 tty6     Ss+  Jul21   0:00 /sbin/getty -8 38400 tty6
root      4919  0.0  0.0   4368     4 ?        Ss   Jul21   0:00 acpid -c /etc/acpi/events -s /var/run/acpid.socket
root      4921  0.0  0.0  61364   364 ?        Ss   Jul21   0:00 /usr/sbin/sshd -D
root      4947  0.0  0.0  23656   168 ?        Ss   Jul21   0:14 cron
root      5077  0.0  0.0  25324   648 ?        Ss   Jul21   0:34 /usr/sbin/hostapd -B -P /var/run/hostapd.pid /etc/hostapd/hostapd.conf
root      5192  0.0  0.0      0     0 ?        S    Jul21   0:00 [lockd]
root      5224  0.0  0.0  24048     4 ?        Ss   Jul21   0:00 /usr/sbin/rpc.mountd --manage-gids
root      6160  0.0  0.0  14540     4 tty1     Ss+  Jul21   0:00 /sbin/getty -8 38400 tty1
root      6681  0.0  0.0  10232     0 ?        Ss   11:07   0:00 dhclient -1 -v -pf /run/dhclient.eth0.pid -lf /var/lib/dhcp/dhclient.eth0.leases eth0
root      9452  0.0  0.0      0     0 ?        S    11:28   0:00 [kworker/u8:1]
root      9943  0.0  0.0      0     0 ?        S    11:42   0:00 [kworker/u8:0]
daemon   11290  0.0  0.0  19140   164 ?        Ss   11:59   0:00 atd
root     11301  0.2  0.1  26772  3436 ?        Ss   12:00   0:01 /usr/sbin/openvpn --writepid /var/run/openvpn.zanview.com.pid --status /var/run/openvpn.zanview.com.status 10 --cd /etc/openvpn --config /etc/openvpn/zanvie
root     11335  0.0  0.0      0     0 ?        S    12:01   0:00 [kworker/0:2]
root     11336  0.0  0.2 107692  4248 ?        Ss   12:01   0:00 sshd: deployer [priv]
deployer 11384  0.0  0.0 107692  1948 ?        S    12:01   0:00 sshd: deployer@pts/0
deployer 11385  0.0  0.1  19972  2392 pts/0    Ss+  12:01   0:00 -bash
root     11502  0.0  0.2 107692  4252 ?        Ss   12:01   0:00 sshd: deployer [priv]
deployer 11552  0.0  0.0 107692  1952 ?        S    12:01   0:00 sshd: deployer@pts/2
deployer 11553  0.0  0.1  19972  2388 pts/2    Ss   12:01   0:00 -bash
root     11841  0.0  0.2 107692  4248 ?        Ss   12:02   0:00 sshd: deployer [priv]
deployer 11889  0.0  0.1 108008  2280 ?        S    12:02   0:00 sshd: deployer@pts/3
deployer 11890  0.0  0.1  19972  2388 pts/3    Ss   12:02   0:00 -bash
root     12007  0.0  0.1  67796  2136 pts/3    S    12:02   0:00 sudo su -
root     12008  0.0  0.0  67376  2016 pts/3    S    12:02   0:00 su -
root     12009  0.0  0.1  18308  2228 pts/3    S+   12:02   0:00 -su
root     12112  0.0  0.1  67796  2136 pts/2    S    12:08   0:00 sudo su -
root     12113  0.0  0.0  67376  2012 pts/2    S    12:08   0:00 su -
root     12114  0.0  0.1  18308  2192 pts/2    S    12:08   0:00 -su
root     12180  0.0  0.0  15568  1160 pts/2    R+   12:09   0:00 ps aux
root     25529  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Jul28   0:09 [kworker/u9:1]
root     28305  0.0  0.0      0     0 ?        S<   Aug05   0:00 [kworker/u9:2]

Saída Mem PS

Eu também tentei o ps_mem.py em https://github.com/pixelb/ps_mem

root@XanBox:~/ps_mem# python ps_mem.py
 Private  +   Shared  =  RAM used   Program

144.0 KiB +   9.5 KiB = 153.5 KiB   acpid
172.0 KiB +  29.5 KiB = 201.5 KiB   atd
248.0 KiB +  35.0 KiB = 283.0 KiB   cron
272.0 KiB +  84.0 KiB = 356.0 KiB   upstart-file-bridge
276.0 KiB +  84.5 KiB = 360.5 KiB   upstart-socket-bridge
280.0 KiB + 102.5 KiB = 382.5 KiB   upstart-udev-bridge
332.0 KiB +  54.5 KiB = 386.5 KiB   rpc.idmapd
368.0 KiB +  91.5 KiB = 459.5 KiB   rpcbind
388.0 KiB + 251.5 KiB = 639.5 KiB   systemd-logind
668.0 KiB +  43.5 KiB = 711.5 KiB   hostapd
576.0 KiB + 157.5 KiB = 733.5 KiB   systemd-udevd
676.0 KiB +  65.5 KiB = 741.5 KiB   rpc.mountd
604.0 KiB + 163.0 KiB = 767.0 KiB   rpc.statd
908.0 KiB +  62.5 KiB = 970.5 KiB   dbus-daemon [updated]
932.0 KiB + 117.0 KiB =   1.0 MiB   getty [updated] (6)
  1.0 MiB +  69.5 KiB =   1.1 MiB   openvpn
  1.0 MiB + 137.0 KiB =   1.2 MiB   polkitd
  1.5 MiB + 202.0 KiB =   1.7 MiB   htop
  1.4 MiB + 306.5 KiB =   1.7 MiB   whoopsie
  1.4 MiB + 279.0 KiB =   1.7 MiB   su (3)
  1.5 MiB + 268.5 KiB =   1.8 MiB   sudo (3)
  2.2 MiB +  11.5 KiB =   2.3 MiB   dhclient
  3.9 MiB + 741.0 KiB =   4.6 MiB   bash (6)
  5.3 MiB + 254.5 KiB =   5.5 MiB   init
  2.7 MiB +   3.3 MiB =   6.1 MiB   sshd (7)
 18.1 MiB +  56.5 KiB =  18.2 MiB   rsyslogd
---------------------------------
                         53.7 MiB
=================================

Saída Slabtop

Eu também tentei slabtop:

root@XanBox:~# slabtop -sc
 Active / Total Objects (% used)    : 131306 / 137558 (95.5%)
 Active / Total Slabs (% used)      : 3888 / 3888 (100.0%)
 Active / Total Caches (% used)     : 63 / 105 (60.0%)
 Active / Total Size (% used)       : 27419.31K / 29580.53K (92.7%)
 Minimum / Average / Maximum Object : 0.01K / 0.21K / 8.00K

  OBJS ACTIVE  USE OBJ SIZE  SLABS OBJ/SLAB CACHE SIZE NAME
  8288   7975  96%    0.57K    296       28      4736K inode_cache
 14259  12858  90%    0.19K    679       21      2716K dentry
  2384   1943  81%    0.96K    149       16      2384K ext4_inode_cache
 20916  20494  97%    0.11K    581       36      2324K sysfs_dir_cache
   624    554  88%    2.00K     39       16      1248K kmalloc-2048
   195    176  90%    5.98K     39        5      1248K task_struct
  6447   6387  99%    0.19K    307       21      1228K kmalloc-192
  2128   1207  56%    0.55K     76       28      1216K radix_tree_node
   768    761  99%    1.00K     48       16       768K kmalloc-1024
   176    155  88%    4.00K     22        8       704K kmalloc-4096
  1100   1100 100%    0.63K     44       25       704K proc_inode_cache
  1008   1008 100%    0.66K     42       24       672K shmem_inode_cache
  2640   2262  85%    0.25K    165       16       660K kmalloc-256
   300    300 100%    2.06K     20       15       640K sighand_cache
  5967   5967 100%    0.10K    153       39       612K buffer_head
  1152   1053  91%    0.50K     72       16       576K kmalloc-512
  3810   3810 100%    0.13K    127       30       508K ext4_allocation_context
    60     60 100%    8.00K     15        4       480K kmalloc-8192
   225    225 100%    2.06K     15       15       480K idr_layer_cache
  7616   7324  96%    0.06K    119       64       476K kmalloc-64
   700    700 100%    0.62K     28       25       448K sock_inode_cache
   252    252 100%    1.75K     14       18       448K TCP
  8925   8544  95%    0.05K    105       85       420K shared_policy_node
  3072   2351  76%    0.12K     96       32       384K kmalloc-128
   360    360 100%    1.06K     12       30       384K signal_cache
   432    337  78%    0.88K     24       18       384K mm_struct

De outros

Também tentei procurar um rootkit com o rkhunter - ele não encontrou nada. E tentei sincronizar e despejar o cache com:

sync; sync; sync; echo 3 > /proc/sys/vm/drop_caches

Também não fez diferença.

Também tentei forçar a troca ou desativar a troca com:

sudo sysctl -w vm.swappiness=100
sudo swapoff /dev/sda2

Eu também tentei usar htop e classificar por memória e também não está mostrando para onde a memória está indo. A versão do kernel é o Linux 3.13.0-40-generic # 69-Ubuntu SMP.

Saída Dmesg: http://pastie.org/9558255 Saída smem: http://pastie.org/9558290

Conclusão

O que está acontecendo? - Para onde está indo toda a memória? - Como eu descubro?

linux  ubuntu  memory 
— Hackeron
fonte
2
— Colin Pickard
Você está lendo errado saída - IO cache é de apenas 65, não 1771 ...
— Hackeron
11
@ user50300: linuxnix.com/2013/05/find-ram-size-in-linuxunix.html Mem usado (buffers + cache) = ram usado pelos aplicativos.
— Frank Thomas
@FrankThomas Eu tentei tudo isso, leia minha pergunta com mais cuidado.
— Hackeron
2
Tente ver se algum processo não liberar a memória corretamente:sync && sudo echo 3 > /proc/sys/vm/drop_caches
— Hastur

Respostas:

7

Minha conclusão é que há um vazamento de memória do kernel em algum lugar do kernel Linux; é por isso que nenhuma das ferramentas do espaço do usuário é capaz de mostrar onde a memória está vazando. Talvez esteja relacionado a esta pergunta: /server/670423/linux-memory-usage-higher-than-sum-of-processes

Atualizei a versão do kernel de 3.13 para 3.19 e parece que o vazamento de memória parou! - Vou relatar se houver um vazamento novamente.

Ainda seria útil ter uma maneira fácil / fácil de ver quanta memória é usada para diferentes partes do kernel do Linux. Ainda é um mistério o que estava causando o vazamento na versão 3.13.

— Hackeron
fonte
2

História

Posso reproduzir seu problema usando o ZFS no Linux .

Aqui está um servidor chamado node51com 20GBRAM. I marcado 16GiBde memória RAM para ser allocatable aos ZFS cache de substituição adaptativa (ARC) :

root@node51 [~]# echo 17179869184 > /sys/module/zfs/parameters/zfs_arc_max
root@node51 [~]# grep c_max /proc/spl/kstat/zfs/arcstats
c_max                           4    17179869184

Em seguida, li um 45GiBarquivo usando o Pipe Viewer no meu pool do ZFS zeltikpara preencher o ARC:

root@node51 [~]# pv /zeltik/backup-backups/2014.04.11.squashfs > /dev/zero
  45GB 0:01:20 [ 575MB/s] [==================================>] 100%

Agora veja a memória livre:

root@node51 [~]# free -m
             total       used       free     shared    buffers     cached
Mem:         20013      19810        203          1         51         69
-/+ buffers/cache:      19688        324
Swap:         7557          0       7556

Veja!

51MiBem buffers
69MiBno cache
120MiBna
19688MiBRAM em uso, incluindo buffers e cache
19568MiBda RAM em uso, excluindo buffers e cache

O script Python que você referiu relata que os aplicativos estão usando apenas uma pequena quantidade de RAM:

root@node51 [~]# python ps_mem.py
 Private  +   Shared  =  RAM used       Program

148.0 KiB +  54.0 KiB = 202.0 KiB       acpid
176.0 KiB +  47.0 KiB = 223.0 KiB       swapspace
184.0 KiB +  51.0 KiB = 235.0 KiB       atd
220.0 KiB +  57.0 KiB = 277.0 KiB       rpc.idmapd
304.0 KiB +  62.0 KiB = 366.0 KiB       irqbalance
312.0 KiB +  64.0 KiB = 376.0 KiB       sftp-server
308.0 KiB +  89.0 KiB = 397.0 KiB       rpcbind
300.0 KiB + 104.5 KiB = 404.5 KiB       cron
368.0 KiB +  99.0 KiB = 467.0 KiB       upstart-socket-bridge
560.0 KiB + 180.0 KiB = 740.0 KiB       systemd-logind
724.0 KiB +  93.0 KiB = 817.0 KiB       dbus-daemon
720.0 KiB + 136.0 KiB = 856.0 KiB       systemd-udevd
912.0 KiB + 118.5 KiB =   1.0 MiB       upstart-udev-bridge
920.0 KiB + 180.0 KiB =   1.1 MiB       rpc.statd (2)
  1.0 MiB + 129.5 KiB =   1.1 MiB       screen
  1.1 MiB +  84.5 KiB =   1.2 MiB       upstart-file-bridge
960.0 KiB + 452.0 KiB =   1.4 MiB       getty (6)
  1.6 MiB + 143.0 KiB =   1.7 MiB       init
  5.1 MiB +   1.5 MiB =   6.5 MiB       bash (3)
  5.7 MiB +   5.2 MiB =  10.9 MiB       sshd (8)
 11.7 MiB + 322.0 KiB =  12.0 MiB       glusterd
 27.3 MiB +  99.0 KiB =  27.4 MiB       rsyslogd
 67.4 MiB + 453.0 KiB =  67.8 MiB       glusterfsd (2)
---------------------------------
                        137.4 MiB
=================================

19568MiB - 137.4MiB ≈ 19431MiB de RAM não contabilizada

Explicação

Os 120MiBbuffers e o cache usados ​​na história acima explicam o comportamento eficiente do kernel de armazenar em cache os dados enviados ou recebidos de um dispositivo externo.

A primeira linha, denominada Mem , exibe a utilização da memória física, incluindo a quantidade de memória alocada para buffers e caches. Um buffer, também chamado de memória buffer , é geralmente definido como uma parte da memória reservada como um local de armazenamento temporário para dados enviados ou recebidos de um dispositivo externo, como um disco rígido, teclado, impressora ou rede.

A segunda linha de dados, que começa com - / + buffers / cache , mostra a quantidade de memória física atualmente dedicada ao cache do buffer do sistema . Isso é particularmente significativo em relação aos programas aplicativos, pois todos os dados acessados ​​a partir de arquivos no sistema que são executados através do uso de chamadas de sistema read () e write () passam por esse cache. Esse cache pode acelerar bastante o acesso aos dados, reduzindo ou eliminando a necessidade de ler ou gravar no disco rígido ou outro disco.

Fonte: http://www.linfo.org/free.html

Agora, como explicamos os desaparecidos 19431MiB?

Na free -msaída acima, o 19688MiB" usado " em " - / + buffers / cache " vem desta fórmula:

(kb_main_used) - (buffers_plus_cached) =
(kb_main_total - kb_main_free) - (kb_main_buffers + kb_main_cached)

kb_main_total:   MemTotal from /proc/meminfo
kb_main_free:    MemFree  from /proc/meminfo
kb_main_buffers: Buffers  from /proc/meminfo
kb_main_cached:  Cached   from /proc/meminfo

Fonte: procps / free.c e procps / proc / sysinfo.c

(Se você fizer os números com base na minha free -msaída, notará que 2MiBnão são contabilizados, mas isso ocorre devido a erros de arredondamento introduzidos por este código #define S(X) ( ((unsigned long long)(X) << 10) >> shift):)

Os números também não aparecem /proc/meminfo(eu não gravei /proc/meminfoquando corri free -m, mas podemos ver na sua pergunta que /proc/meminfonão mostra onde está a RAM em falta), para que possamos concluir pelo que foi /proc/meminfodito acima conte a história toda.

Nas minhas condições de teste, sei como controle que o ZFS no Linux é responsável pelo alto uso de RAM. Eu disse ao ARC que ele poderia usar até a 16GiBRAM do servidor.

O ZFS no Linux não é um processo. É um módulo do kernel.

Pelo que descobri até agora, o uso de RAM de um módulo do kernel não apareceria usando ferramentas de informações do processo porque o módulo não é um processo.

Solução de problemas

Infelizmente, eu não sei o suficiente sobre o Linux para oferecer uma maneira de criar uma lista de quanta RAM os componentes que não são de processo (como o kernel e seus módulos) estão usando.

Neste ponto, podemos especular, adivinhar e verificar.

Você forneceu uma dmesgsaída. Módulos de kernel bem projetados registrariam alguns de seus detalhes dmesg.

Depois de analisar dmesg, um item se destacou para mim:FS-Cache

FS-Cachefaz parte do cachefilesmódulo do kernel e se refere ao pacote cachefilesdno Debian e no Red Hat Enterprise Linux.

Talvez, há algum tempo, você tenha configurado FS-Cacheem um disco RAM para reduzir o impacto da E / S da rede enquanto seu servidor analisa os dados de vídeo.

Tente desativar qualquer módulo suspeito do kernel que possa estar consumindo RAM. Provavelmente, eles podem ser desativados com blacklistin /etc/modprobe.d/, seguido de um sudo update-initramfs -u(comandos e locais podem variar de acordo com a distribuição do Linux).

Conclusão

Um vazamento de memória está consumindo 8MB/hrsua RAM e não a libera, aparentemente, não importa o que você faça. Não fui capaz de determinar a fonte do vazamento de memória com base nas informações fornecidas, nem fui capaz de oferecer uma maneira de encontrar esse vazamento de memória.

Alguém que tenha mais experiência com Linux do que eu precisará fornecer informações sobre como podemos determinar para onde está indo o "outro" uso de RAM.

Eu comecei uma recompensa nessa questão para ver se conseguimos uma resposta melhor do que "especular, adivinhar e verificar".

— Deltik
fonte
Obrigado por isso e obrigado pela recompensa! Apenas uma observação: não habilitei nenhum cache, o fluxo de vídeo é analisado ao vivo e não há armazenamento de rede (nenhum NFS, nenhum SMB, FS_Cache não é usado e não tenho arquivos de cache instalados). Eu tentei olhar para todos os módulos do kernel carregados e descarregar qualquer coisa já não utilizada, o que também não ajudou :( - Eu suspeito que talvez o vazamento esteja no driver da rede ou algo assim - mas acho que a minha e sua pergunta é como solucionar esse problema fora do palpite .
— Hackeron
1

Você altera manualmente o Swapiness do seu Kernel ou o desativa?

você pode escolher o nível de swappyness atual com

cat /proc/sys/vm/swappiness

Você pode tentar forçar seu kernel a trocar agressivamente com

sudo sysctl -w vm.swappiness=100

se isso diminuir os problemas, encontre um bom valor entre 1 e 100, atendendo às suas necessidades.

— chris
fonte
o swappiness não tem nada a ver com isso - mesmo se eu desativar a troca completamente, ainda tenho uma situação em que matei todos os processos do usuário e ainda toda a memória é usada.
— Hackeron
-2

Você não está certo - sim, seu comando free –m está mostrando 220MB grátis, mas também está mostrando que 1771MB é usado como buffers. Buffers and Cached é a memória usada pelo kernel para otimizar o acesso a dados de acesso lento, geralmente discos. Portanto, você deve considerar toda a memória marcada como buffers como memória livre, porque o kernel pode recuperá-la sempre que necessário.

Consulte: /server/23433/in-linux-what-is-the-difference-between-buffers-and-cache-reported-by-the-f

— Paulo
fonte
Atualizei a resposta para levar isso em consideração. Lamento dizer que você está entendendo mal a saída do comando "free".
— Hackeron
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