Eu gosto do DEVONthink . Embora eu não tenha um scanner, ele é altamente recomendado pelas pessoas que o usam para digitalizar e organizar documentos em papel.
O DEVONthink armazena seus documentos, papéis digitalizados, mensagens de email, notas, favoritos etc. em um só lugar. Acesse páginas da web ao vivo sem problemas no DEVONthink para revisar e extrair mais informações.
Custa dinheiro, de US $ 50 a US $ 150, dependendo da edição que você compra. Consegui uma cópia gratuita de "Personal" através de uma promoção MacHeist, mas eu definitivamente compraria uma cópia, se fosse necessário. Eles têm uma versão de teste para download, para que você possa experimentar.
Após revisitar este tópico, parece que o ponto comum é o DEVONthink Pro e o Fujitsu ScanSnap (o modelo 5500 é mencionado frequentemente para usuários de Mac). Aqui está um post com mais algumas informações. Você provavelmente pode encontrar mais informações do que deseja pesquisando no Google por "scansnap devonthink". Quando se encaixar no orçamento, seguirei esse caminho.