Respostas:
Quando você abre o PuTTY, selecione Janela na árvore à esquerda:

Você pode alterar o número de linhas e colunas na janela aqui.
Como alternativa, selecione Aparência e altere o tamanho da fonte:

Quando estiver satisfeito com as configurações, selecione Sessão e salve essas configurações novamente como "Configurações padrão":

Essas configurações agora serão o padrão para novas janelas PuTTY.