Eu mesmo estava procurando uma resposta.
Como já foi dito, o OneDrive atualmente não fornece um meio de sincronizar pastas compartilhadas no aplicativo.
No entanto, esse recurso está sendo desenvolvido enquanto falamos e deve estar disponível em um futuro próximo.
Verifique aqui para mais informações e sinta-se à vontade para votar.
1/9/15 Atualização Atualização rápida sobre o tempo, pois sabemos que todos se importam com isso. Estamos planejando disponibilizar a sincronização de pastas compartilhadas neste verão. Atualizaremos este tópico à medida que nos aproximarmos da data. Obrigado pela sua paciência!
ATUALIZAR:
Agora isso é possível através da opção "Adicionar ao meu OneDrive" no navegador:
Olá a todos -
É um prazer informar que começamos a implementar a sincronização de pastas compartilhadas no OneDrive. Mal podemos esperar para você começar a usá-lo!
Como funciona? Temos uma nova ação no OneDrive, chamada "Adicionar ao meu OneDrive". Sempre que você estiver usando o OneDrive na Web ou por meio do aplicativo móvel, verá isso quando estiver navegando em conteúdo que outras pessoas compartilharam com você. Clicar em "Adicionar ao meu OneDrive" adicionará essa pasta ao seu OneDrive. A partir de então, sempre que você navegar no OneDrive, poderá ver qualquer uma das pastas compartilhadas adicionadas. E no cliente de sincronização, quando você seleciona quais pastas sincronizar, verá todas as pastas compartilhadas que adicionou. Selecione a (s) pasta (s) compartilhada (s) desejada (s) e elas começarão a ser sincronizadas imediatamente com o seu PC ou Mac.
Estamos lançando isso, que leva algum tempo, e é claro que você pode obtê-lo antes do seu amigo que também deseja (tente não esfregar). A sincronização de pastas compartilhadas está disponível no Windows 10, Windows 8, Windows 7, Windows Vista e MacOS. Os usuários do Windows 8.1 precisarão atualizar para o Windows 10 para obter esse recurso. Observe que você poderá sincronizar pastas compartilhadas apenas com permissões de editor.
Deixe-nos saber como as Pastas Compartilhadas funcionam para você - e sincronize esses arquivos!