Essa é uma pergunta antiga, mas eu pensei em responder mesmo assim.
Existem inúmeras diferenças entre os dois produtos em como os recursos são apresentados, mas eles têm paridade de recursos próximos (na verdade existem muitas coisas que o Virtualmin + Webmin pode fazer que o cPanel não pode fazer, mas raramente impactariam alguém gerenciando sites principalmente, eu não sou ciente de qualquer coisa cPanel / whm pode fazer que Virtualmin + Webmin não pode fazer).
O Virtualmin Professional inclui um recurso chamado "Instalar Scripts", que fornece a instalação de mais de 100 aplicativos da Web, semelhante às ferramentas que você mencionou. Então, eu não acho que isso pode ser considerado uma limitação do Virtualmin (embora o Virtualmin GPL inclua apenas um número muito pequeno de Scripts de Instalação, então se você estiver comparando o Virtualmin livre ao cPanel pago e pago pelo Fantastico, o Virtualmin não comparar como favoravelmente).
Aqui está uma lista de Scripts de Instalação atualmente incluídos no Virtualmin Professional: http://www.virtualmin.com/documentation/install-scripts
Novos scripts são adicionados periodicamente, conforme os usuários os solicitam, e se eles são razoavelmente fáceis e seguros de implantar em um ambiente de hospedagem compartilhada.
Eu fiz uma tabela de comparação há muitos anos, o que é meio desatualizado no momento, já que falta muita discussão sobre muitos recursos mais modernos que foram adicionados ao Virtualmin e provavelmente ao cPanel (coisas como suporte a node.js, serviço de nuvem opções de backup, suporte a nginx, etc.). Mas, acredito que ainda seja preciso para os recursos que ele cobre.
http://www.virtualmin.com/compare.html
Isenção de responsabilidade: Sou um desenvolvedor no Virtualmin e trabalho na Virtualmin, Inc.