Toda a App Store, as compras do iTunes e os dados do iCloud estão todos ligados à ID da Apple, não ao dispositivo. Tanto quanto eu sei, você não pode 'excluir' um ID da máquina sem limpá-lo completamente; ou talvez você pudesse, mas seria preciso muita escavação. Você acabou de sair dele, depois no seu próprio ...
Você terá que continuar trocando IDs o tempo todo para acessar atualizações e autorizar o iTunes, recomprar sob sua própria identidade ou configurar o Family Sharing , que permite que todos os membros da família 'possuam' software e música compartilhados. Use o ID da sua esposa como a conta "principal", pois isso preservará a maior parte da estrutura existente.
Os dados do iCloud, as senhas dos keychains dos contatos etc possivelmente terão que ser recriados do zero. Eu não tenho experiência com isso, desculpe.