Diferença entre desligar e reiniciar o PC

Eu tenho windows (XP SP3 32-bit) e linux (Xubuntu TT 64-bit) ambos instalados no meu laptop (como um dualboot). Agora cada um dos seguintes comportamentos foi testado no meu PC várias vezes:

Ao desligar / reiniciar o PC com o Linux previamente carregado e carregar o linux novamente, nada de interessante acontece.
Ao desligar / reiniciar o PC com o Windows anteriormente carregado e carregar o Windows novamente, nada de interessante acontece.
Ao desligar / reiniciar o PC com o Windows carregado anteriormente e carregando o Linux, nada de interessante acontece.

mas

Ao reinicializar o PC com o linux carregado anteriormente e carregando as janelas, meu mouse USB pára de funcionar todas as vezes.
Ao desligar o PC com o linux carregado anteriormente e carregar janelas, nada de interessante acontece.

Eu realmente não preciso da ajuda com meu mouse, eu adoraria saber qual é a diferença louca entre a reinicialização e o desligamento, o que faz com que o mouse fique preso. Desligamento e reinicialização são os mesmos do meu ponto de vista.

— Jeyekomon
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Eu acredito que a reconfiguração do usb após a reinicialização fará com que ele funcione.

— vembutech

Muitas vezes, a energia não dispara completamente em uma reinicialização, os capacitores ainda mantêm a carga por alguns segundos. Isso pode estar causando um pequeno bug no controlador USB ou algo relacionado.

— Aboba
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Isso não explica por que o mouse continua funcionando se a reinicialização foi feita no Windows / Windows ou Linux / Linux.

— user3767013

Isso acontece se o dispositivo não estiver desconectando corretamente.

— Aboba

Talvez ambos os sistemas operacionais realizem redefinições de PCI em um horário diferente. Se o Linux o faz na inicialização e o Windows faz o desligamento durante a reinicialização (apenas uma hipótese), você não obtém nenhuma redefinição de PCI ao reinicializar do Linux para o Windows. BTW, gostaria de saber se o teclado USB externo funciona no Windows em tais cenários.

— v6ak