Isso é uma falha e a solução que eu uso é exportar seu pdf como um arquivo ps (postscript). Você pode fazer isso imprimindo um documento e selecionando para salvar o documento como um postscript na caixa de diálogo de impressão. Depois de fazer isso, você pode abrir o arquivo ps e começar a realçar e ele não se sobrepõe. A solução alternativa é uma dor, mas essa é a única solução alternativa por enquanto.
Também ouvi dizer que você também pode baixar o Preview 7.0 (independentes) no Yosemite e usá-lo, mas ainda não o testei.