Você pode tentar uma das muitas opções de código aberto (e, portanto, livres) ( Aqui pode ser um bom lugar para começar a procurar). Esta página diz que:
Você não pode fazer alterações permanentes nos arquivos PDF usando o Adobe Reader; no entanto, você pode executar muitas funções de edição usando o Adobe Reader se o autor tiver ativado essas funções usando o Acrobat 7.0 Professional. Por exemplo, você pode realçar texto e adicionar comentários em notas adesivas.
Assim, parece que você pode ser capaz de perguntar sobre o que você está perguntando, embora exatamente o que constitui uma "mudança permanente" não seja mencionado.
Eu pessoalmente tentaria Escritório aberto , como eu tive um tempo muito bom com isso no passado e é provável que tenha a capacidade de importar e exportar documentos.