Supondo que você siga esta rota:
Nenhum problema, perfeitamente seguro. Você pode achar que é um pouco mais lento.
Aliás, arquivos como JPG, MP3, MP4, WMV, AVI etc. não são compactados (ou muito pouco); portanto, se o seu Histórico de arquivos estiver cheio deles, você não verá muitas melhorias.
EDIT: compressão NTFS funciona no nível do sistema de arquivos. É tão seguro quanto o NTFS, como um sistema de arquivos. Isso ocorre porque a compactação NTFS é parte integrante do conjunto de funcionalidades NTFS .
O Histórico de arquivos não é algum tipo de ferramenta de disco baseada em setor, é apenas um serviço que copia arquivos e mantém o histórico de versões. O destino de destino do histórico de arquivos pode até ser um local de rede! Isso é mais do que evidência suficiente de que você pode especificar com segurança uma pasta de destino com a compactação NTFS ativada.