A GUI atual permite apenas a exclusão de pastas individuais, nem todas as pastas chamadas, por exemplo, .svn
Mas há uma maneira avançada de adicionar exclusões - consulte
https://help.backblaze.com/hc/en-us/articles/220973007-Advanced-Topic-Setting-Custom-Exclusions-via-XML
Como exemplo, adicionei a regra a seguir para excluir pastas ocultas .git, apenas se elas estivessem na minha pasta ~ / Sites (outra similar poderia se aplicar a .svn, node_modules etc.):
<excludefname_rule plat="mac" osVers="*" ruleIsOptional="t" skipFirstCharThenStartsWith="users/" contains_1="/sites/" contains_2="/.git/" doesNotContain="*" endsWith="*" hasFileExtension="*" />