netsh wlan
Os comandos assumem um [interface=]interfaceName
parâmetro que se torna um parâmetro obrigatório quando você possui mais de uma interface WLAN. Você pode desativá-lo apenas quando tiver apenas uma interface WLAN.
Atualização: você solicitou mais informações sobre como usá-lo. Aqui está um exemplo da documentação online da netsh wlan para Windows Server 2008 :
netsh wlan connect ssid="Wireless Net" name=Profile2 interface="Wireless Network Connection"
Eu acho que você deve conseguir obter os nomes das interfaces WLAN com:
netsh wlan show interface
Isenção de responsabilidade: nunca lidei com vários adaptadores WLAN em uma caixa do Windows Server 2008 antes, então não posso garantir que funcione. Portanto, leve isso com um pouco de sal, pois é apenas o meu entendimento de como deve funcionar, com base na minha leitura da documentação.