Tem a ver com o recurso de desligamento híbrido do Windows 10 (também conhecido como Inicialização rápida). Consulte http://www.howtogeek.com/236807/how-to-mount-your-windows-10-or-8-system-drive-on-linux/ .
Solução de curto prazo: certifique-se de selecionar a opção “Reiniciar” no Windows em vez da opção “Desligar” sempre que quiser mudar para o Linux.
Longo prazo: Desative permanentemente a inicialização híbrida No Windows, no Painel de controle de opções de energia e clique em "Alterar o que os botões de energia fazem". Pode ser necessário clicar no link "Alterar configurações indisponíveis no momento" para ativar a alteração dessa configuração. Role para baixo e desmarque a opção "Ativar inicialização rápida (recomendável)". Clique em "Salvar alterações" para salvar suas alterações.
Na próxima vez que você desligar o Windows, ele será totalmente desligado, como o Windows 7 sempre fazia.